ここでの「実行時」という言葉は、「実行を始めるとき」ではなく、「実行をしているとき」を表しています。
実行時エラーは、コンパイルやリンクの段階で検出できなかったエラーです。たとえば、「ファイルのアクセスに失敗した」「メモリの空きが不足している」といったものは実行時エラーですが、こういったものは、実行してからでないと分からないことであって、コンパイルやリンクの時点では検出できません。
「ファイルが読み取れたかどうかを if文で判定して、処理を分岐させる」といった備えをすることはできますし、プログラミング言語によっては、例外の仕組みによって検出される場合もあります。実行時にこういった機能がうまく働いた場合は、異常時のコードに正常に遷移しているので、実行時エラーは未然に防がれたことになります。実行時エラーになったのであれば通常、プログラムは強制終了(異常終了)してしまいます。
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